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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展现出广泛应用的生物学几丁质酶，是指抗淋巴肿瘤和抵抗毒效应。普通，三萜是可以通过甲羟戊酸经由结合的，并从天然草本植物草本植物和白色念珠菌中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研医学论文。该钻研会发现三萜类类化合物虫草酸（GA）是依据溶液塑造培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物转化率发生的。利用转录组和淀粉酶质组学新工艺进一个步骤探险无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT发生两个野生野生灵芝酸（GA）的长效机制，并只能根据两组学新工艺加测到的异同什么是基因和异同淀粉酶，预测未来DHT 菌物合出 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和基本功能分类整理

完成对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体来进行转录组测序共得出67230个转录本和14295个单人类什么是基因组。在这么多单人类什么是基因组中，491个被监定为对比定性深入分析表示人类什么是基因组（DEGs），在这这其中213个表示上涨，279个表示变动（图1A）。GO丰度定性深入分析后，DEGs分类生物技术期间（BP）、人体癌细胞物质（CC）和原子功能键（MF）3类。在BP类中，显现了前三大子类：抗菌药分离分解排泄期间，乙酸盐分解排泄期间和甲酸盐分解排泄期间;而在CC类中，人体癌细胞外区、突触复合材料体、突触架构是前三大亚类。相对于MF类，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性酶、阳极氧化恢复原酶渗透性酶和酸氨（或酰胺）接触酶渗透性酶是前三大亚类（图1B）。在DEGs的KEGG环路定性深入分析中，前30条丰度度高的环路有27条是一种分解排泄，在这这其中二氧化氮分解排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐分解排泄、丙酸盐分解排泄数据信号环路同质性丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和功能性归类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体做氨基酸质组学具体具体讲解，共要知道了16,457种现代感肽、2606种氨基酸质和2588种一定量氨基酸质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求要求下，在这一2606种氨基酸质中，94种被鉴定结论为的之间的关系表明氨基酸（DEPs），里面的52种调整，42种降低（图2A），图2C表明了的之间的关系表明氨基酸的聚类具体讲解具体具体讲解热图。从GO具体具体讲解深入研究，BP类属表明，基本上数DEPs参与活动冰醋酸盐吸附掉排泄整个过程中中、四环素吸附掉吸附掉排泄整个过程中中和类药物吸附掉吸附掉排泄整个过程中中。CC类DEPs在组织肿瘤神经元外区、过被氮化合物酶体和微体中覆盖率最低，被氧化反应保存酶微微生物和甲酸脱氢酶（NAD）微微生物在MF类中DEPs的比例表最低（图2B）。与转录组效果类似，KEGG环路具体具体讲解表明，好多DEPs在吸附掉排泄中聚集，里面的3条最聚集的途经是光合微微生物中的碳特定、碳吸附掉排泄和MAPK移动信号环路（图2D）。还有，凭借具体具体讲解GO数据统计库的CC对DEPs做亚组织肿瘤神经元定位功能具体具体讲解和批注（图2E），DEPs重点区域在组织肿瘤神经元质（40.66%）、组织肿瘤神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），实际上是GAs微微生物提炼的重点位址。

图2|蛋清质组的降钙素原检测定量分析和职能查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物还原成和比较组备选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个对比展现出染色体（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组总计有的DEGs/DEPs来进行聚类讲解讲解，出现 mRNA和淀粉酶质之中有12个调整染色体和2个降低染色体，DEGs和其译员的DEPs展现出关卡呈正涉及到的，应用场景Pearson的涉及到的因子讲解，在转录组和淀粉酶质组之中检测工具到相对性较高的涉及到的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验成果呈现，E组和C组17个DEGs的形容关卡之间的关系取得，在这当中9个为调涨DEGs，俩个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容现象与转录混合物析成果保持一致。

图3|蛋清质组的参考值深入分析和技能手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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